自由时报9月5日发出评论《「特別關係」就是投降主義！》，内称：
馬的新定義其實來自舊思維，二十年前，台灣終止動員戡亂前後，不少人提出一國兩個事實政權、一國兩府、一國兩區等，那時國民黨保守派勢大，而採取最保守的一國兩區定義兩岸關係，雖明知反攻復國無望，但中華民國主權未退卻。
馬的兩岸新定義，去除了舊保守派的「復國主義」，加上外交休兵、棄守主權、一中市場等政策，統一意涵就發生質變，從老國民黨政權的「復國」，馬英九手中變成「被併吞」。
出身國民黨舊政權反共世家的馬英九，脫胎自舊思維的所謂兩岸新定義，其實兩個字就可道盡：投降！（作者胡文輝，資深新聞工作者）
还发出楊宗岳的短文讽刺马英九为“台灣地區區長”。内称：馬 英九在競選總統期間曾說：「台灣的前途要由台灣人民決定」，此次馬英九卻說我們憲法不容許我們的領土上還有另外一個國家，此種說法就是承認台灣與中國大陸 是同一個國家，這樣剛好落實了中國所宣稱「台灣前途要由台灣和大陸人民共同決定」的說法，如此與台灣前途由台灣人民決定的社會共識有極大不符合。
總統府發言人王郁琦又說台灣地區與大陸地區是對等地區，馬英九在競選期間口口聲聲說是台灣人、中華民國台灣是主權獨立的國家，如今當選後卻說台灣是個地區，難道馬英九競選的是台灣地區區長嗎？（作者為國會助理）
在这家报纸上还发出有民进党立委蔡同荣的文章，指马英九“出賣台灣主權”和台獨聯盟副秘書長陳國雄的文章号召“推翻叛國總統”。
国民党方面的中央日报网路报9月5日发出社论《特別關係論：馬總統務實定調兩岸關係》，（http://www.cdnews.com.tw 2008-09-05 08:43:47）对马英九的答墨西哥太阳报记者归纳其要旨為：
「雙方的關係應該不是兩個中國，而是海峽兩岸的雙方處於一種特別的關係」，「雙方是一種特別的關係，但不是國與國的關係」。馬總統宣示的「兩岸特別關係論」，與時俱進，捐華務實，應可營造兩岸更好的關係。
因为：
台灣與大陸雙方關係，並非現在的南北韓或昔日的東西德所能類比，而是一九四九年以後就隔海分治的兩個政治實體，其基本態勢，誠如馬總統強調「未必互相承 認，但也不應互相否認」。然而，在歷史形成的兩岸現實之上，前總統李登輝、陳水扁卻基於台獨意識形態或一己政治利益考量，先後悍然對兩岸關係做出國際、尤 其是美中方面完全不能接受的論述。
最后的结语是：
兩岸之間基於「擱置爭議，追求雙贏」相互諒解下，國際間對馬總統改善美中台關係所獲致的成效深表認同，美國總統布希更稱許「美中台目前關係處於『最好位 置』」。無疑的，馬總統提出「兩岸特別關係論」後，應如貝多芬《第五號交響曲命運》第四樂章寓意的「勝利」，兩岸關係從此邁入互惠雙贏的未來